小孩亲子鉴定可以在正规的三甲医院或专业的家庭调解中心进行。在做亲子鉴定时，需要母子双方及男叔叔三方共同到医院进行。提供样本需要受检者提供唾液，母亲及孩子需提供2支进行比对，而叔叔（或祖父、叔父、兄）则需要提供1支样本比对。其他家族成员如果没有可以比对也可以通过叔叔的样本来辅助参与鉴定。此外，除了唾液外还可以提供血、毛发、牙齿样本等作为鉴定依据。
小孩亲子鉴定是做确定父母生物关系的一种常见实验方法，通常建议由医学实验室专业人员进行检测。目前，国内的大中型县级医院、诊所以及三甲医院等医院都有可以做小孩亲子鉴定的实验室，特别是三甲医院则会拥有更高的检测试剂和设备的检测服务。由于亲子鉴定的精准性要求，每次检测都有其严格的技术规范要求，因此请确保使用正规医院检测才能保证结果准确可靠。
进行小孩亲子鉴定需要提供纯序列多态性DNA（Short Tandem Repeat，STR）检测所需要的样本，其中一般包括亲子及外祖父母（N=4）以及被鉴定的小孩的样本。孕妇的样本不能用于小孩亲子鉴定，具体提供的样本也要根据实际需求来决定。通常要求受检者出示本人身份证以及年检报告单，成年人可以提供血液正常样本，儿童则需要提供指纹（入学或出生鉴定）、拭子（棉签）或者是维生素D等可以确定身份特征的样本。而健康成长卡或者是出生明细表、新生儿鉴定证书等资料都可以用作解释父系证据的法律效力资料。
